Rahoituksen hankkiminen oli nuorisojärjestölle alusta alkaen ongelmallista. Pieni alkupääoma toimintaan (107 000 silloista markkaa) saatiin puolueelta 1945. Rahan niukkuus rajoitti toiminnan laajentamista ja työntekijöiden palkkaamista. Pitkiä aikoja elettiin runsaasti yli varojen, kuten 1960-luvulla, mutta talous saatiin tasapainoon menoja pienentämällä tai tuloja lisäämällä. Niukat ajat näkyivät erityisesti henkilöstön pienessä määrässä. Keskustoimistoa ja piiritoimistoja pyöritettiin jatkuvasti vajaalla väellä.
MNL:n päivittäinen rahaliikenne oli hyvin tyypillistä tuon ajan nuorisojärjestölle. Tuloja saatiin pääasiallisesti omista julkaisuista kuten Maaseudun Joulusta, Kyntäjästä ja eriliasten julkaisujen myynnistä. Suurimman menoerän muodostivat tilavuokrat, julkaisujen painokulut ja henkilöstömenot, kuten palkat ja matkakorvaukset. Kuva MNL:n kassakirjan sivulta marraskuun alkupäiviltä 1951.
Alkuaikoina varat toimintaa hankittiin pääasiassa jäsenistöltä joko jäsenmaksuin, keräyksin tai pääsylipputuotoin erilaisiin juhliin tai iltamiin. Oman varainhankinnan keinoja olivat myös julkaisut (lähinnä Maaseudun Joulu), arpajaiset ja Maaseudun Kukka(i)srahasto. Arpajaisista muodostui vakituinen tulonlähde. MNL järjesti joka toinen vuosi yhdessä Maalaisliiton Naisten (MN) kanssa suurarpajaiset, joiden tuottoja käytettiin molempien järjestöjen toiminnan rahoittamiseen. Joululehden ja arpajaistuottojen merkitys väheni 1960-luvun lopulle tultaessa.
Maaseudun Joulun -lehden myynti- ja ilmoitustuotot muodostivat yhden keskeisen osan MNL:n alkuaikojen tuloista. Kuvassa Maaseudun Kukkasrahaston joululehdessä ollut ilmoitus vuodelta 1961 myytävinä olevista tuotteista.
Maaseudun Kukkasrahasto perustettiin 1948. Sen kortit ja adressit menivät heti alusta lähtien hyvin kaupaksi puolueen laajaan järjestökenttään. Rahasto osoittautui erittäin menestykselliseksi taloudelliseksi hankkeeksi. Se on tukenut avustuksilla siitä lähtien nuorisojärjestön taloutta merkittävällä tavalla. Rahoitusta pyrittiin erityisesti 1960-luvulla samaan myös erilaisella liiketoiminnalla, kuten peliautomaattien, pesuloiden ja kahviloiden avulla, mutta huonoin tuloksin. Hankkeet osoittautuivat jälkikäteen usein tappiollisiksi. Järjestötoiminnan ihmisillä ei useinkaan ollut tarvittavaa osaamista yritystoiminnasta, jotta hankkeet olisi saatu kannattaviksi.
Kukkasrahaston adressit, onnittelusähkeet, kortit ym. toivat hyvin varoja MNL:n toimintaan. Eevi Salminen esittelemässä adresseja Seppo Sarlundille 1960-luvun alkupuolella.
Toimintaa rahoitettiin aina 1950-luvulle asti lähes kokonaan omatoimisella varainkeruulla ja puolueen ym. maalaisliittolaisten järjestöjen avustuksilla. Valtion-avun merkitys alkoi kasvaa vasta 1950-luvun lopulla. Valtionavun kulta-ajat ajoittuivat poliittisesti aktiivisimpaan ja kuumimpaan aikaan 1960-luvun lopulle ja 1970-luvun alkuun. Keskustanuoret ovatkin rahoittaneet toimintaansa 1960-luvun lopulta lähiten pääasiassa valtionavun turvin. Omaa varainhankintaa on erilasista yrityksistä huolimatta ollut sangen vähän.
Kaikkiin keskustanuorten lähettämiin avustusanomuksiin ei luonnollisestikaan vastattu myöntävästi. Nuoret hakivat 1958 sosiaaliministeriöstä raittiusmäärärahaa valitustyöhön. Varojen puutteeseen vedoten ministeriö hylkäsi anomuksen.